New Yorkban született 1946. szeptember 15-én. Apja második világháborús veteránból lett előbb sikeres, idővel kevésbé sikeres tőzsdeügynök (fia később neki ajánlotta Tőzsdecápák című filmjét), francia anyjától tanulta meg annak anyanyelvét. A film kiskorától érdekelte, főként Fellini, Godard és Bunuel művészete nyűgözte le. Beiratkozott a Yale Egyetemre, de egy év múlva inkább Vietnamba ment angolt tanítani, dolgozott hajón, Mexikóban (ahol marihuána birtoklásáért le is tartóztatták), novellákat írt. Hazatérve másodszor is nekivágott az egyetemnek, de most sem bírta sokáig, és 1967-ben jelentkezett a hadseregbe. A vietnami háborúban kétszer megsebesült, megkapta a Bíborszív kitüntetést.
Leszerelése után Martin Scorsese filmes előadásait hallgatta a New York-i Egyetemen. Két horrorfilmmel kezdte pályafutását, de ezek - akárcsak első játékfilmje - nem keltettek feltűnést. Ezt követően szinte kivétel nélkül az amerikai társadalom alapvető kérdéseit boncolgató, a közvéleményt megosztó alkotásokat készített, nem véletlenül tartják a legellentmondásosabb hollywoodi rendezőnek. Első Oscar-díját forgatókönyvíróként kapta 1979-ben az Éjféli expressz című filmért, majd több sikeres, bár nem mindig művészi igényű film (Conan, a barbár; A sebhelyes arcú; A sárkány éve) forgatókönyvét jegyezte.
Első jelentős filmje az 1986-ban forgatott Szakasz volt. Vietnami trilógiájának nyitó darabja a háború értelmetlenségét, az egyénre gyakorolt pusztító hatását ábrázolta, s megkapta érte a rendezésért járó Oscar-díjat. A trilógia második része három évvel később készült el. A Ron Kovic önéletrajzi könyve alapján forgatott Született július 4-én egy lebénult, lelkileg is sérült vietnami veterán s vele egy nemzedék tragédiáját dolgozta fel, amiért ismét átvehette a rendezői Oscart. A sorozatot 1993-ban az édesanyjának ajánlott Ég és Föld zárta le, amely egy vietnami nő nézőpontjából láttatta a háborút.
A Wall Street brókereinek kegyetlen világát bemutató Tőzsdecápákban (1987) hitelesen ábrázolta az ügyletek mögötti konspirációkat és korrupciót. A folytatást 2010-ben készítette el A pénz soha nem alszik címmel, mérsékelt sikerrel. 1991-ben két teljesen különböző filmjét mutatták be: a The Doors a hatvanas évek kultikus zenekara és a legendás énekes, Jim Morrison történetét mesélte el, a JFK - A nyitott dosszié pedig a Kennedy-gyilkossággal kapcsolatos összeesküvés-elméletek összefoglalása. Formai megoldásaival (a fekete-fehér és színes képek keveredése, kiváló fényképezés és vágás) is maradandót alkotott, s bár nem sokan értettek egyet vele, a témát ismét az érdeklődés középpontjába állította, ráadásul több kategóriában is (rendezés, forgatókönyv, legjobb film) Oscar-díjra jelölték.
A számos vitát és botrányt kiváltó Született gyilkosok egy ámokfutó sorozatgyilkos-párt állított a középpontba, és a média hazug, erkölcstelen sztárgyártó gépezetére próbálta meg felhívni a figyelmet, a jobbára fanyalgó kritika szerint azonban éppen az elítélni szándékozott, öncélú erőszakot dicsőítette. 1996-ban ismét politikai témához nyúlt, a Nixon a Watergate-botrány miatt lemondásra kényszerült elnök életét kísérte nyomon. Bár a film nem lett kasszasiker, Stone-t a forgatókönyvért - megosztva - már tizenegyedik alkalommal jelölték Oscar-díjra. 1999-ben nemcsak új filmjével, az amerikai foci témáját feldolgozó Minden héten háborúval került az újságok címlapjára, hanem azzal is, hogy ittas vezetés és kábítószer birtoklása miatt letartóztatták.
A rendező 2004-ben - régi álmát megvalósítva - a világhódító Nagy Sándorról forgatott kosztümös filmet, amely hatalmasat bukott a pénztáraknál és a kritikusoknál is. A csorbát az Amerikát ért 2001-es terrortámadást feldolgozó, a mentésben részt vevő hősies rendőröknek emléket állító World Trade Centerrel kívánta kiköszörülni. 2008-ban W címmel a leköszönő amerikai elnökről, George W. Bushról készített vegyes visszhangot kiváltó életrajzi drámát.
Az igen sarkos politikai véleményt alkotó és ezt véka alá soha nem rejtő Stone a nacionalizmust és a patriotizmust tartja a két legrosszabb dolognak, amely szerinte minden másnál többet ártott a múlt században. Rokonszenvezik a latin-amerikai baloldali mozgalmakkal, forgatott dokumentumfilmet a barátjának tekintett kubai Fidel Castróról (Comandante) és a populista venezuelai elnökről, Hugo Chávezről (South of the Border). Dokumentumfilmben dolgozta fel a palesztin-izraeli konfliktust, és nemrég fejezte be dokumentumfilmjét Vlagyimir Putyin orosz elnökről.
Az elmúlt években a televízió számára is dolgozott, az Amerika elhallgatott történelme című dokumentumfilm-sorozatban azokat az eseményeket kívánta megvilágítani, amelyekre véleménye szerint történésük idején ugyan kevés figyelem jutott, de kulcsszerepük volt az Egyesült Államok történelmében. Vadállatok című filmjének témája a mexikói drogháború volt. Egy nappal hetvenedik születésnapja után kerül az amerikai mozikba Snowden című filmje, amelyet életrajzi-politikai thrillernek nevezett, és az amerikai hírszerzési dokumentumokat kiszivárogtató amerikai informatikusról szól. A film elkészítése komoly nehézségekbe ütközött, Stone szerint Amerikában minden lehetséges módon megpróbálták cenzúrázni, ezért forgatott végül Münchenben.